光绪四年四月，在左宗棠的举荐下，杨昌濬被开复入京引见，见完了两宫太后，他带着礼物拜访翁同龢。
翁同龢见了杨昌濬的面，便说“当年之事，望兄见谅”，话中颇有抱歉之意。
翁同龢时任工部尚书加太子少保，见个“罪官”按说犯不着轻声细语，更不至于低头道歉。
事情还得往前倒，光绪元年的时候，朝廷发生了一件大事，这一年杨乃武与小白菜案平反，而对此案提出异议的正是翁同龢。
秋审爆出惊雷
光绪元年八月，翁同龢奉命署理刑部右侍郎，对于司法工作，翁同龢并不陌生。
翁同龢曾于道光二十八年参加礼部的拔贡考试，成绩名列第一，以七品小京官供职刑部江西司。在刑部他一直干了七年，问案无算，对于律例了如指掌。
翁同龢到任刑部后，正值一年一度的秋审。作为堂官他来到秋审处，调阅各省上报的重大死刑案，因为他要将这些材料仔细审核，并提出意见。
翁同龢在阅看秋审案卷时，发现浙江上报杨乃武一案的堂审和案犯供词有诸多矛盾之处。
如杨乃武供词中交代余杭知县刘锡彤之子刘海升与葛毕氏（小白菜）有往来，但浙江方面没有提及此事，学政胡瑞澜在复奏中干脆否认刘海升与葛毕氏有往来；
又，杨乃武与葛毕氏通奸被葛品连撞破是在八月二十四日，但杨乃武供词中说当日未进葛毕氏家。
为了查清案情真相，翁同龢从都察院调阅了杨乃武姐姐杨菊真和妻子杨詹氏投递的二份冤单，申诉的内容也刚好与案情的几处矛盾相符。
此外，翁同龢还拜访了在京浙江籍官员张家骧、夏同善、吴仲愚、朱智及刑部司员林拱枢、余君撰等人，听取他们对该案的看法。
林拱枢久在刑部任职，是出了名的办案高手，他也认为此案有疑；余君撰是秋审处总办，完全同意翁同龢的看法，认为案中矛盾之处甚多。
而吴仲愚、朱智则公开为杨乃武喊冤，认为有人蓄意对杨乃武进行陷害。
带着种种疑问，翁同龢在刑部堂官会议上，表明了杨乃武案不能结案，要求重审，并请旨“敕准浙江巡抚立即回复案中的疑窦疏漏和情节互异”问题。
翁同龢的态度很坚决，表示案情一日不明，刑部决不可草率复奏。
杨案平反始末
翁同龢再牛终究是署理刑部右侍郎，他的上面还有刑部尚书桑春荣，那么他是什么态度呢？
桑春荣，浙江绍兴人，道光十二年进士，历任云南知府、云南布政使、云南巡抚、左都御史，光绪七年他正执掌刑部。
桑春荣是个老油子，他担心此案如果处理不好，会得罪一大批人，甚至会丢了乌纱帽，所以他的态度是维持原判。
由于翁同龢的坚持，刑部不得不上奏，要求对杨乃武案进行重审。
与此同时，以汪树屏为首的浙江三十多名官员，联名向都察院、刑部呈控揭露浙江在审理杨乃武案中，省、府、县三级七审七绝，都是刑讯逼供，屈打成招，上下包庇，欺罔朝廷，请求将杨乃武和葛毕氏提京审问。
事情到了这个份上，慈禧和恭亲王奕訢不可能坐视不理，旨意令浙江方面押解杨乃武、葛毕氏入京，并将葛品连的棺椁送至京师刑部查验。
不凑巧的是，杨乃武还没到京，翁同龢奉旨调任户部，不久又被命在毓庆宫书房行走，授读光绪帝。
翁同龢离开刑部对此案并没有造成多大影响，新任户部也是属于正常的人事调动。
对于杨乃武一案，翁同龢随时关注，而且他的侄儿翁曾桂正在刑部负责审理该案。
光绪二年二月，所有人犯、人证、承审官全部到京，并在京师海光寺当众对葛品连开棺验尸。
结果证明葛品连并非中毒，而是因病死亡。
既然葛品连非中毒身亡，那么杨乃武与葛毕氏通奸谋夫的事实就不成立。这一结果，对浙江官场来说无疑是一次灾难。
慈禧太后谕令刑部彻查，准备对各级审案官员予以严惩。
就在这个时候，四川总督丁宝桢上了一道奏疏，他认为刑部审验不足，此案不应平反，承办各级官员并无不是，主张仍按浙江巡抚原奏议定罪名。
在事实面前，丁宝桢站出来为浙江官员叫屈是不合时宜的。他之所以这么干的原因不得而知，或许是为了维护地方官的威严，也或许有见不得人的秘密。
丁宝桢的言论彻底激怒了朝中的言官，御史王昕上了奏折，弹劾浙江巡抚杨昌濬、浙江学政胡瑞澜等人欺君。
慈禧太后照准，刑部将杨乃武与葛毕氏平反，对浙江巡抚杨昌濬以下各级官员分别给予不同处分。
杨昌濬革职回籍，胡瑞澜革职永不叙用，受此案牵连的浙江官员多达一百多人。
慈禧坚决要办浙江官员，且涉及人数如此之多，台面上的理由是他们蔑视国法，实际上也是借机敲打湘系集团。
太平天国起义期间，一大批湘淮人物因军功，被保举为省、府、州、县各级官员，他们由功臣变为疆臣，在地方上飞扬跋扈，大有与朝廷抗衡之势。
这种局面让慈禧和奕訢颇为不安，杨乃武一案确实在一定程度上起到了打压湘淮嚣张气焰和整顿地方的效果。
不过杨昌濬、胡瑞澜等人，说到底还是湘军集团的二三流人物，如果仅此就认为慈禧打击湘淮，也是不客观的。
因为杨乃武案平反三年后，杨昌濬就在陕甘总督左宗棠的举荐下被开复，那个“罪大恶极”的余杭知县刘锡彤也在三年后被释归。
杨昌濬是个有政治头脑的人，吃过这回亏，他深知在地方为官必须要有朝廷大员为靠山。
故而见了慈禧后，便去拜访了翁同龢。
道理上来讲，翁同龢是主持正义，维护国法公正，他没有刻意报复杨昌濬，没必要“语带歉意”。
其实，翁同龢同样也是人精，因为他与左宗棠的关系总体不错，也就是所谓的看人下菜碟。
如果杨昌濬是李鸿章的人，可能面都不一定见得上。
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